1985年、パーク・システムズのCEOであるパク・サンイル博士は、スタンフォード大学のカルビン・クエイト教授の研究グループの一員で、IBMの研究者とともに原子間力顕微鏡（AFM）を発明した重要なメンバーの一人でもありました。

1988年、パク博士は卒業と同時にこの技術を研究室から持ち出し、 AFMの商業化のパイオニアとしてPark Scientific Instruments（PSI）を設立しました。その後、一連のAFM製品を学術界と産業界に販売網を広げ、1997年にPSIはサーモスペクトラ社に買収されました。

PSIの売却後、パク博士はPSIAを設立し、曲がったAFM像を生成するモノリシックなスキャン構造やデータのアーチファクトを生成するクロストーク現象などといったような従来の装置の欠点を解決する次世代AFMを開発することに成功しました。

PSIAは、XY（横方向）とZ（縦方向）のスキャナを分離したAFM構造により、高精度な高さ（ハイト）測定と精密なナノ計測を実現するPark XEシリーズを発表しました。

さらに、PSIAは産業用AFM装置を開発し、世界最大のデータストレージメーカーへの販売にも成功しました。これは、この後の半導体市場向け自動AFMの開発への足掛かりになってともいえます。

ビジネス面では、アメリカ（2003年）と日本（2007年）に子会社を設立し、市場範囲を拡大させました。

そして2007年に、社名がPSIAから変更され、現在のパーク・システムズとなりました。

パーク・システムズは、新しいAFMシリーズの導入と製品ラインナップの拡張により、急速に成長しました。その背景には、研究用卓上型AFMからロボットアームと統合された全自動AFMシステムまでと、包括的なAFMのラインナップを提供する市場で最も正確なAFMとしてPark NXシリーズのリリースが挙げられます。

産業面では、半導体・ナノエレクトロニクスの世界的なコンソーシアムであるIMECとの共同開発に成功し、先端半導体市場への参入を果たしました。

2015年には、韓国証券先物取引所の新興株式市場であるKOSDAQに上場し、IPOも果たしました

アメリカと日本に加え、ドイツ、イギリス、フランス、シンガポール、インド、中国、台湾、メキシコに地域本部を新設し、販売網をより拡大させたことで急成長を果たしてまいりました。

また、半導体工場へのAFM装置の導入に成功し、同市場を独占することで、パーク・システムズは世界有数のAFMメーカーの地位を確立させることに成功しました。2020年、パーク・システムズは、Forbesによるアジアにおける10億ドル以下の新興企業トップ200社にも選別されました。

2021年、原子間力顕微鏡の新たな飛躍となるPark FXシリーズがリリースされました。原子間力顕微鏡の複雑な機能をすべて取り除き、簡単に操作できる自動化システムを備えているため、操作に煩わされることなく、研究に集中することができる画期的なシステムであるFX40を開発し、発売いたしました。

2022年、パーク・システムズは、イメージング分光エリプソメーター（ISE）やアクティブ除振台（AVI）を開発・製造するドイツのAccurion GmbH社を買収し、事業ポートフォリオを拡大しました。